二战风云2中船只运载核心是用军事运输船在港口装陆军，配护航走安全航线跨海投送，登陆舰可近岸卸载，全程需控载重、防拦截、保补给。

船只运载的基础是解开和建造运输载体，核心运载单位为军事运输船，需兵工厂达到指定等级解开，唯一港口是运载操作的唯一枢纽。港口等级直接决定单次运载吨位上限，等级越高可同时调度的运输船数量越多、单船载重越大，低等级港口仅能支持小规模步兵运输，高等级港口可承载坦克、自行火炮等重型装备。运输船无战斗能力，仅承担运载功能，编队时需区分纯运输船和可轻度运载的军舰，驱逐舰、巡洋舰等战斗舰船仅能搭载少量步兵，不可作为主力运载工具。

部队装载需遵循载重制度和兵种适配，将陆军部队集合至港口后，选定运输船发起登船指令，体系会按单位类型自动计算占用吨位。步兵占用吨位最少，适合批量装填；装甲车、中型坦克占用中等吨位，需平衡数量和运输效率；重型坦克、火箭炮占用吨位最大，单船运载数量极少，需优先保障决定因素战役投放。装载时不可超载，否则无法启航，合理配比轻重兵种可提高单次运输性价比，同时避免单一兵种运输被敌方针对性克制。

航线规划和护航配置是运载安全的核心，运输船航速慢、防御弱，易遭敌方潜艇、轰炸机、驱逐舰拦截，航线需避开敌方海军巡逻区、空军覆盖圈和岛屿要塞点。优先选择近海隐蔽航线，远离公海高危区域，出发前用侦察机扫描航线海域，排查敌方埋伏和反潜设施。护航编队标配驱逐舰和轻巡洋舰，驱逐舰负责反潜和近程防空，巡洋舰应对敌方水面舰船和超距离空袭，编队比例提议1艘运输船配1-2艘护航舰，大规模运输可组建多支编队分批出发，降低单次被全歼风险。

登陆卸载和后续保障决定运载价格，运输船可停靠友方港口或敌方无防御海岸，友方港口可直接完成卸载和补给，敌方海岸需选择滩头区域快速卸载，登陆舰可提高滩头卸载效率，减少暴露时刻。卸载后需快速部署防御工事，防止敌方反扑，同时保障运输船返程安全，可安排护航舰接应返程船队。长期跨海作战需在中途岛屿建立补给港口，维持运输船队燃油和维护资源，研发物流科技可提高运输船载重上限和航行速度，进一步优化运载效率。